Les fonctionnalités d'OpenJUMP sont relativement étendues grâce au language de script “Beanshell” accessible à partir de “personnaliser” dans la barre de menu.
Pour écrire un script, il est donc nécessaire de connaître l'API d'OpenJUMP mais aussi un peu celle de Java.
Il existe également un plugin BeanShellEditor qui permet de coder plus confortablement vos scripts, de les exécuter, de les enregistrer, de les gérer.