QGIS utilise de nombreux formats à la fois vecteurs et rasters. Il se base sur les librairies OGR pour les vecteurs et GDAL pour les rasters, il est ainsi possible d'ouvrir des fichiers vecteurs : shape, tab, mif, mid et de nombreux fichiers images : tiff, jpeg, ecw…

Il est également possible de se connecter à des serveurs wms, wfs ou encore d'afficher des couches issues de la cartouche spatiale de PostgreSQL et PostGIS.