OpenJUMP a une structure classique de type couche-table. Les données alphanumériques sont regroupées dans des tables. Une ligne contient un enregistrement avec des caractéristiques spatiales ou non. Chaque colonne comporte des données sur un champ.

Chaque table contient des informations sur une couche que l'on peut modifier en faisant Clic droit sur la couche/Modifier le style.

On peut choisir de modifier la couleur ou alors de représenter la couche selon un champ (classification thématique), ajouter des étiquettes. Une fonction permet également de rendre la couche visible qu'à partir d'un certain niveau de zoom.

Les couches sont organisées par superposition classique, on peut les déplacer dans l'ordre d'affichage, les décocher afin de les rendre visibles ou non.

Les entités sont modifiables à poartir du moment où la couche contenant ces dernières l'est également.

Il est possible de modifier la structure d'une table à partir du moment où la couche géographique représentant cette table est modifiable.