Les fonctionnalités d'OpenJUMP sont relativement étendues grâce au language de script “Beanshell” accessible à partir de “personnaliser” dans la barre de menu.

• BeanShell Console: Ce menu est utilisé pour écrire une commande très brève.

Pour écrire un script, il est donc nécessaire de connaître l'API d'OpenJUMP mais aussi un peu celle de Java.

• BeanTools: Ce menu liste les différents scripts créés et ainsi l'utiliser plus facilement. Pour qu'ils apparaissent dans ce menu, il faut le glisser dans le répertoire ext/beantools du répertoire d’installation d’OpenJUMP.

Il existe également un plugin BeanShellEditor qui permet de coder plus confortablement vos scripts, de les exécuter, de les enregistrer, de les gérer.